A Emater conta com um Programa de Produção de Sementes e Mudas que tem como objetivo disponibilizar produtos a preços competitivos a produtores rurais do Estado. Desenvolvidas por programas de melhoramento genético e por meio de parcerias com diferentes instituições, a Agência comercializa os grãos em suas Unidades Locais com o apoio da Fundação de Assistência Técnica e Extensão Rural (Fundater).